微囊藻毒素是一種具有自我強化機制作用的生態(tài)生長調節(jié)素，高濃度MC可以影響水生植物種類的多樣性，從而幫助藍藻獲得競爭優(yōu)勢，直至形成水華。水生植物則直接受到水體中的MC影響，并可能通過他感作用（allelopathy）與產生毒素的藻類發(fā)生相互作用。在MC對植物的毒性作用機制中，磷酸酶抑制途徑可能并不重要，而ROS的誘導升高可能是其主要的致毒機理。經MC-RR處理后，細長聚球藻（Synechococcuselongatus）的生長明顯受到抑制，ROS水平升高引發(fā)氧化脅迫，導致丙二醛（MDA）含量顯著升高。MC-LR誘導甲藻（Peridiniumgatunense）產生的氧化應激與MAPKs旁路關鍵酶的激活有著密切關系。

　　微囊藻毒素的毒性，具有明顯的器官選擇性。*的是對人體肝臟的毒性。大量的流行病學研究表明，當地飲用水中的微囊藻毒素含量與當地原發(fā)性肝癌的發(fā)病率有很大的相關性。

　　微囊藻毒素除了強烈的肝臟和腎臟毒性外，越來越多的研究顯示，MCs還有一定的遺傳毒性和免疫毒性。

　　微囊藻毒素可以通過損傷DNA、染色體和基因等遺傳物質，對機體造成危害。而目前免疫毒性研究，主要集中于其對免疫細胞核免疫分子的影響。動物實驗顯示，微囊藻毒素對小鼠免疫系統多個方面、多個層次的功能，顯示出明顯的抑制作用。